W filmie "G.I. Joe: Odwet" żołnierze jednostki wojskowej dowodzonej przez Duke'a walczą nie tylko ze swoim śmiertelnym wrogiem Kobrą, ale muszą stawić czoła strukturom rządowym, które mogą zagrozić ich istnieniu. Do bohaterów filmu dołączył ponownie Snake Eyes, śmiertelnie niebezpieczny ninja, jedna z ikon świata G.I. Joe. Główny wątek filmu opiera się właśnie na relacjach między Snake Eyes, a jego odwiecznym wrogiem Storm Shadow, który pod koniec poprzedniej części zostaje uznany za martwego. Kiedy ponownie widzimy na ekranie Snake Eyes, stara się on odnaleźć spokój w Arashikage, gdzie ćwiczy sztuki walki z Niewidomym Mistrzem. To właśnie tam dowiaduje się, że Storm Shadow jednak nie zginął.