Wraz z młodymi oficerami jednostki kosmicznej wyruszymy "W ciemność" - najniebezpieczniejszą do tej pory wyprawę "Star Trek". Akcja zaczyna nabierać tempa wraz z powrotem statku do bazy na Ziemi. Powodem tego jest zastanawiający incydent, który miał miejsce w galaktyce i powstrzymuje Kapitana przed rozpoczęciem kolejnej, pokojowej misji badawczej. Jednak na Błękitnej Planecie sprawy mają się coraz gorzej. Zaskakujący akt terroryzmu obnażył budzący niepokój fakt: Gwiezdna Flota jest atakowana przez wewnętrznego wroga, co może wywołać kryzys na całym świecie. Zadaniem Kapitana Kirka jest poprowadzić Enterprise na bezprecedensową misję, której zadaniem będzie stawienie czoła szerzącej się destrukcji. Nie jest to jednak łatwa misja, ponieważ wróg czai się na pokładzie statku i posiada ogromną moc niszczenia. Sam Kirk będzie musiał zmierzyć się z własnymi wątpliwościami, które cienką linią oddzielają przyjaciół od wrogów, zemstę od sprawiedliwości oraz otwartą wojnę od siły wspólnej przyszłości.